注册食品公司在深圳福田区的代办流程一般包括以下几个步骤： 

1. 公司名称预先核准: 在申请注册之前，需要提供准备注册的公司名称，并在深圳市市场监督管理局进行审核和核准。 

2. 办理工商营业执照：准备好所有所需的注册文件，包括法人身份证、公司章程、注册资金等，然后根据要求到深圳市市场监督管理局办理工商营业执照。 

3. 办理食品经营许可证：在注册完成后，需要根据食品安全管理的相关规定，在深圳市市场监督管理局提交食品经营许可证申请，并按照监管部门的要求提供相关资料和检验报告。办理食品经营许可证时分网络经营和线下经营，并根据开展食品经营的种类不同而有不同的要求。 

4. 落实生产经营场所要求：根据食品安全管理的要求，需要选择合适的生产经营场所，并满足相关的卫生、消防等要求。 

5. 员工健康证明：食品公司经营需要具备合格的员工健康状况，因此需要安排员工进行健康证明检查，并妥善保存相关记录。 

6. 开立公司银行账户：选择一家银行，根据要求提供相关的资料，办理公司银行账户开户手续。 

以上是一般的代办流程，具体操作还需根据相关法规和政策进行办理，并在具体办理过程中遵循深圳市市场监督管理局的指导和规定。