深圳公司注册以后股东变更是公司经营过程中常见的程序之一，它涉及到公司内部的资本结构、所有权和利益分配。在此，我们详细介绍一下深圳公司股东变更的线上和线下流程，并对于原股东为自然人需要怎么办做一个简单的说明。

 一、线上股东变更流程：通过官方网络平台和电子文件进行的股权变更操作，具体是： 

1.登录相关网站

我们需要在深圳市市场监督管理局找到商事主体登记注册的按钮点击并登录。 

2.填写申请资料

登录网站成功，先确认变更公司信息及变更内容，然后我们再填写相关的申请资料，包括股东会决议内容和时间，新旧股东身份信息，新的股权比例，股权转让协议，由于股东变更引起的人员职务变更信息（如法定代表人，董事，经理，监事等职务），新的公司章程等内容。 

3.下载未签名申请表

完成以上资料填写，我们就可以下载未签名申请表做电子签名，签名后在申请表右上角点击提交申请。 

4.审核流程

深圳公司股东变更审核需要2-3个工作日，如果遇到实际审查可以根据驳回提示带资料去指定线下的窗口接受审查，实际审查一般会要求新旧股东现场核实情况，具体有什么问题可以随时咨询我们。 

5.领取结果

一旦申请审核通过，我们会收到变更通过的短信，根据提示选择邮寄或者去任意行政服务大厅领取变更备案通知书和换取新的营业执照（新营业执照根据窗口提示是否更换）。 

整个线上流程方便、快捷，为广大企业提供了高效便捷的服务。 

二、线下股东变更流程：

对于一些具体业务操作和特殊情况，线下流程仍然是必需的。线下流程是指公司经办人直接到所属行政服务大厅进行面对面股东变更手续。具体是：

 1.线上资料填写

和线上股东变更流程相似的资料填写，包括登录深圳市市场监督管理局，填写相关的申请资料。 

2.准备相关的纸质资料        

相关的纸质资料主要为企业变更（备案）登记申请书（深圳市），公司股东变更的股东会决议，公司股权转让协议，新的章程，涉及到职务变动的其他公司变更决定或股东会决议和公司营业执照等。 

3. 递交申请

将准备好的申请材料递交到行政服务大厅窗口，经窗口确认无误后等待审批结果。 

4. 领取变更备案通知书

申请通过后，经办人会收到短信通知，经办人可以凭身份证在现场领取变更备案通知书，有必要则换取新的营业执照。 

三、深圳公司股东变更需要注意的是原股东为自然人的情况，原股东需要申报个税和印花税：

根据个税法和相关税务规定，原股东在变更股权时需要缴纳个人所得税。具体的计算方法是以变更时的股权转让价款为基础，按照个人所得税的政策进行计算并缴纳相应的税款。此外，根据国家税务总局的规定，股权变更还需要缴纳印花税。印花税的税率根据转让股权的价值和具体情况而定，需要在办理股权变更手续时交纳。

 总结一下，深圳公司股东变更的流程可分为线上和线下两种方式。线上流程通过官方网络平台和电子文件进行，操作方便快捷；线下流程则需要到行政服务大厅办理，并提供各种必要的材料。无论我们选择何种方式，原股东为自然人在深圳公司股东变更时都需要注意申报个税和印花税的问题，确保符合税法和相关规定。